Меню "Atoms Menu" (Меню Атом) состоит из:
Меню "Create" (Создать) позволяет создавать новый атом из периодической таблицы.
Команда "Make Connection" (Создать связь) может создавать новую связь между двумя атомами.
"Remove Connection" (Убрать связь) позволяет убрать/удалить связь между атомами.
"Select By Click" (Выбрать нажатием) может выбирать атом нажатием левой кнопки мыши.
"Select By Name" (Выбрать по названию) может выбирать атом по названию.
"Select All" (Выбрать всё) позволяет выбрать все элементы рабочей области.
"Deselect All" (Снять все выделения) снимает все выделения с элементов рабочей области.
Меню "Selected Objects" (Выбранные объекты) позволяет: перемещать атомы, менять масштаб, показывать/скрывать выбранные объекты, заблокировать/разблокировать объекты, удалить объекты.